Taxe sur les salaires avec % d'imposition

Bonjour, j’effectue une déclaration annuelle de taxe sur les salaire avec un pourcentage d’imposition de 90,49% sachant que le client est également soumis à TVA. Mais ce que je ne m’explique pas c’est pourquoi sur la déclaration annuelle, le pourcentage est appliqué 2 fois : 1 fois sur la base des salaires et 1 fois sur la taxe directement ? Cela a pour conséquence de fausser le montant dû. Est-ce que quelqu’un a rencontré le même problème ? Merci d’avance pour vos retours.